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第一篇:酵母文庫相關(guān)問題十問十答

FAQ1: 在溶解AbA時,可以用DMSO(二甲基亞砜)么?

答:不能,需要用無水乙醇。


FAQ2: 膜體系文庫篩選,做自激活檢測的時候,陰性對照為什么在三缺四缺也正常生長?

答:如果只是輕微生長是有可能的,膜體系系統(tǒng)中的陰性對照,有時候由于菌的活力太強,培養(yǎng)時間太久,涂板的菌液量大等原因,導(dǎo)致在三缺、四缺上會有輕微生長,但長勢會明顯弱于陽性對照,只要功能驗證生長正常,沒有自激活,就可以進行后續(xù)篩庫。


FAQ3: 如何驗證一個蛋白是否具有轉(zhuǎn)錄激活活性? 
答:通過酵母文庫系統(tǒng)來做,可以將目的基因連接到pGBKT7載體,然后直接轉(zhuǎn)入雙雜篩選的菌株Y2HGold,但是不加AD載體。如果能在篩選培養(yǎng)基上活下來,就表明該目的基因具有類似AD的轉(zhuǎn)錄激活作用。


FAQ4: 擬南芥全長轉(zhuǎn)錄因子庫,雙雜和單雜誘餌載體及菌株分別是用什么?

答:雙雜 BD 載體可用 pDEST32、菌株用 Y2HGold;單雜 BD 載體 用pHISi-1、菌株 用YM4271。


FAQ5: 如果研究的誘餌蛋白亞細(xì)胞定位在線粒體上,用核體系酵母文庫還是膜體系酵母文庫篩選比較好?

答:可以先嘗試用膜系統(tǒng)酵母文庫篩選,但前提該蛋白須有一個末端在細(xì)胞質(zhì)里。


FAQ6: PlantCare網(wǎng)站是預(yù)測植物啟動子的結(jié)構(gòu)原件,是否可以預(yù)測昆蟲或者其他動物的?

答:理論上不行,但是都是預(yù)測軟件可以參考使用。


FAQ7:在做自激活檢測的時候,為什么平板的克隆大小不均一?

答:克隆生長密度和生長時間都會讓克隆大小不均一,生長稀疏的地方營養(yǎng)豐富,克隆會偏大,但是不影響結(jié)果判斷。


FAQ8: 做核體系酵母單雜篩選的時候,一般啟動子區(qū)域如何選擇?串聯(lián)3次的結(jié)構(gòu)元件篩選是不是自激活更容易抑制?

答:經(jīng)過大量單雜篩選實驗,經(jīng)驗告知我們啟動子的長短選擇對于本身的自激活現(xiàn)象,兩者本身沒有直接的線性關(guān)系,具體的選擇可能還是取決于我們后期主要研究的序列。


FAQ9: 核體系單雜篩選的空載pAbAi為什么不能用作陰性對照?又為什么連了目的片段自激活就可以抑制�。�

答:第一:空載pAbAi本身是有自激活, 第二:外源片段可以破壞掉多克隆位點區(qū)域的序列


FAQ10:做酵母文庫雙雜篩選實驗中,為什么后續(xù)篩到陽性克隆,進過測序發(fā)現(xiàn)陽性克隆序列與誘餌載體BD的序列是相同的?

答:實驗中是有這種現(xiàn)象的,因為有的蛋白會以二聚體的形式進行互作。 



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