美國(guó)研究團(tuán)隊(duì)基于共分餾質(zhì)譜(Co-fractionation MS, CF-MS)技術(shù) ，構(gòu)建出大規(guī)模的植物蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖，相關(guān)研究成果以“A Pan-plant Protein Complex Map Reveals Deep Conservation and Novel Assemblies ”為題在Cell上發(fā)表。

▌研究背景

隨著植物基因組測(cè)序數(shù)量不斷增加，但基因編碼的植物蛋白生化特性的研究還較為局限，很多植物細(xì)胞中的活性多蛋白復(fù)合體尚未被鑒定。共分餾質(zhì)譜(Co-fractionation MS, CF-MS) 是一種高通量的檢測(cè)互作蛋白方法，適用于任何生物體且無(wú)需抗體或單個(gè)蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)基因標(biāo)記。研究人員收集了一個(gè)龐大的植物共分餾質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫(kù)從中鑒定高置信度蛋白質(zhì)-蛋白互作，文中新發(fā)現(xiàn)多個(gè)復(fù)合物與農(nóng)藝上重要的性狀有直接關(guān)系。總之目前公布的蛋白質(zhì)豐度和穩(wěn)定的蛋白質(zhì)相互作用圖譜將有助于在機(jī)制、進(jìn)化和生化范疇內(nèi)解釋植物基因功能。

▌研究目的

為跨植物細(xì)胞共享的保守、穩(wěn)定的蛋白質(zhì)組裝的提供跨物種視圖，并為解釋植物遺傳和突變表型提供了一個(gè)機(jī)械的、生化的框架。

▌研究結(jié)果

通過(guò)使用MS蛋白質(zhì)組學(xué)來(lái)定義植物之間共享的主要蛋白質(zhì)復(fù)合物，構(gòu)建來(lái)自多個(gè)組織和不同物種的200多萬(wàn)次蛋白質(zhì)豐度測(cè)量值，研究結(jié)果不僅豐富的蛋白質(zhì)復(fù)合物，還提供了將基因產(chǎn)物與表型聯(lián)系起來(lái)并測(cè)試特定功能假設(shè)的途徑及查詢蛋白互作的工具網(wǎng)站：http://plants.proteincomplexes.org 查詢蛋白互作，為植物生物學(xué)基礎(chǔ)和應(yīng)用研究奠定基礎(chǔ)。

▌▌http://plants.proteincomplexes.org使用步驟

一、目的蛋白互作蛋白預(yù)測(cè)：

使用plant.MAP (proteincomplexes.org) 網(wǎng)站

二、目的蛋白涉及蛋白復(fù)合體預(yù)測(cè)：

使用plant.MAP (proteincomplexes.org) 網(wǎng)站

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